Owner Infoには所有者の名前や利用環境を入れることが出来ます。使用には関係ないのですが、おそらく開発者様の有益な情報となるでしょうから、入れておきましょう。
Manage Calendarsではカレンダーの色やデフォルト設定の変更などができますし、Manage Templatesではイベントやタスクを新規作成するときのフォーマットを作ることができます。
Application Badgeは、iPadのトップでアイコンに添付する数字。Overdue（期限切れ）のタスクが初期値ですが、Due TodayやAll Tasksなどいろいろ選べます。
あと覚えておくと良いのはStartup In View。ここで、起動時の初期画面を設定できます。

早い話が見た目の変更です。Title Font Size、Month Cell Font Sizeはそれぞれイベントやタスク、月間カレンダーでのフォントサイズを指定できます。
「Events」のPast Appointment Styleは、すでに終了したイベントの設定。Italicsは斜体、Small Textは文字を小さく、Fadedは色を少し透かす、といった具合です。Color DisplayはToday画面の表示にのみ影響する色指定です。Use Tag Colorsはタグをつけてた場合の色のON、OFF。Todayは月間、週間カレンダー表示の際のTodayを示す色になります。
「Tasks」のColor Display、Use Tag Colorsの設定は「Events」と同様です。Overdueは期限切れのタスクに対し、自動で背景色を付加します。Prioritiesは各Priorityのテキスト色、背景色を設定できます。

Next Actions、Tasks Completed、Alarms、Contactsは、Today画面にそれぞれ対応するリストを表示するか否かの設定になります。Contactsは少々分かりにくいのですが、Attendeeで参加者を加えていた場合の、参加者表示です。

ISO Week Numbersは週の番号。Default Calendar Alarmはイベント作成時のアラームのON/OFFです。Work Hoursで働く時間を入れておくと、Today画面とカレンダーのDays画面の時間帯の色が変わります。New Event Durationは新規にイベントを作成したとき、デフォルトで何時間を設定するか、です。Google AlarmではGoogleカレンダーのアラーム設定を変更できますし、Alarm Notification Soundでは既定の6種類から音を選べます。
Show List Empty DayはカレンダーのList画面で何も予定のない日を表示するか否かの設定です。Week SetupとWeek Orientation、Week View Time BarsはWeek画面の表示設定、Month Cell StyleはMonth画面の表示設定になります。Week View Time Barsは一見分かりづらいのですが、イベント予定に合わせてWeek画面の各日に色分けバーが出現します。
First Day of Weekでは、週の始まりの曜日を設定できます。日曜日や月曜日はもちろん、その他の曜日もOK。自分なりのカスタマイズができます。
Tasks in Calendar Viewは、カレンダーの各List、Week、Month画面にタスクを表示するか否かです。この表示させるタスクは、次のType of TasksによってさらにOverdueのみだとか、Completedのみだとかに、制限することができます。

Alarm Notification Soundは、タスクにアラーム設定した場合のアラーム音です。既定の6種類から選べます。Task Badgeは右側面にあるTaskタブに表示する数字です。「Overdue」「Today」あるいはこの両方で「Both」、全3種類です。
Show Project Statsは、ONにするとFoldersを選んだときに、上部に統計が表示されます。Show CompletedはCompletedのタスクを表示するか否かの設定です。
また、Defaultsでは新たにタスクを作成するときの「日付」と「Importance」を決めることが出来ます。

iPadを揺すると同期が始まる「Shake to Sync」、時間の間隔を決めて同期させる「AutoSync」を設定できます。手動で同期させるときはこの画面の「Sync」をプッシュします。

バックアップと復元Backup/Restore、データの削除Erase Local Data、ログ管理Application Loggingなどができます。また障害時の自動通知Auto Crash Reportがありますので、少なくともこれはONにしておきましょう。