Good ReaderはAppフォルダの中にあります。このAppフォルダはアクセスしようとすると、アプリのシステムに絡むため警告が発せられます。･･･が、気にせず選択。
「App」から「Good Reader iPad」へ進み、そこから「Documents」へ。

この「Documents」フォルダに、自分のフォルダやファイルをドラッグ&ドロップで突っ込みます。複数のフォルダを同時に入れ込もうとすると、転送中のウィンドウがいっぱい開きます。いくら転送速度が快適とはいえ、できれば1フォルダずつ入れてくのが良いです。

格納したら、左のような感じになります。これをGood Readerで見てみると、右のようにちゃんとフォルダ表示されます。

iTunesで見てみても、フォルダできちんと表示。便利です♪